โรคภูมิแพ้อาหารแฝง หรือเรียกอีกชนิดว่าแพ้อาหารแบบเรื้อรังนั้น เกิดจากภูมิ (antibody) ชนิด immunoglobulin G (IgG) ที่ร่างกายสร้างมาต่อต้านอาหาร โดยที่ความรวดเร็วในการเกิดปฏิกิริยาและอาการแพ้หลังจากที่ทานอาหารที่แพ้เข้าไป ไม่ได้เกิดขึ้นรวดเร็วทันทีทันใดแบบเห็นได้ชัด เมื่อเทียบกับภูมิแพ้แบบปกติ (แบบเฉียบพลัน)